第一章：R语言GO分析个

基因本体（Gene Ontology, GO）分析是功能基因组学中的重要工具，用于解释基因集的功能特征。在R语言中，可以通过一系列生物信息学包实现高效的GO分析。其中，clusterProfiler 是最常用的包之一，它支持多种物种的GO富集分析。

进行GO分析前，需要准备一个基因列表，通常是以基因ID的形式存在。以下是一个简单的分析流程：

数据准备

确保已安装并加载 clusterProfiler 和 org.Hs.eg.db（以人类为例）：

if (!require("clusterProfiler")) {
  install.packages("clusterProfiler")
}
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)  # 人类数据库，其他物种可选择相应包

执行GO富集分析

假设已有一个差异表达基因的ID列表 gene_list，可以使用 enrichGO 函数进行富集分析：

ego <- enrichGO(gene = gene_list,       # 基因列表
                OrgDb = org.Hs.eg.db,   # 注释数据库
                keyType = "ENTREZID",   # 基因ID类型
                ont = "BP")             # 选择本体，如BP（生物过程）、MF（分子功能）、CC（细胞组分）

分析结果可以通过 summary(ego) 查看，也可以使用 dotplot 或 barplot 可视化：

dotplot(ego)

以上步骤构成一个完整的GO富集分析流程，适用于从高通量实验中获得的功能注释信息的深入挖掘。